Selected Cell
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Metadata | Values (examples) | ||||||||
Asset Title | Data for phaseplane plot of oscillating ATP and NADH concentrations in oscillating yeast extracts | ||||||||
Uploader | Franco du Preez | ||||||||
Uploader SEEK ID | 355 | ||||||||
Project | SysMO-DB | ||||||||
ASSAY | |||||||||
Assay SEEK ID | 219 | ||||||||
Assay Title | Detailed kinetic model of yeast glycolytic oscillation | ||||||||
Assay_type | discontinuousEnzymatic | ||||||||
Technology_type | enzymatic activity measurements | ||||||||
Description | Concentration of glycolytic intermediates were determined by enzymatic assays | ||||||||
Experimentalist | Joachim Das and Heinrich-Gustav Busse | ||||||||
Date | 1991 | ||||||||
SOP | |||||||||
Publication (optional) | Das, J. and Busse, H.G. (1991) Biopyshical Journal 60:369-379 | ||||||||
Experimental_conditions | |||||||||
Item | temperature | pH | |||||||
Compound (if concentration) | |||||||||
Unit | |||||||||
Start_value (optional) | 25 | 6.5 | |||||||
End_value (optional) | 25 | 6.5 | |||||||
Comments | |||||||||
Culture growth | Batch | ||||||||
FACTORS_STUDIED | |||||||||
Item | concentration | ||||||||
Compound (if concentration) | Glucose | ||||||||
Unit | umol/ml | ||||||||
Start_value (optional) | 50 | ||||||||
End_value (optional) | 50 | ||||||||
SD (optional) | |||||||||
Comments | Semi-aerobic. Cultures were harvested in the early stationary phase. The oscillations were induced and sustained by continuous feeding of the extract with 50 umol glucose/ml extract/h(or 0.83 umol/ml/ min) from a stock solution of 3M glucose in 0.1M potassium phosphate buffer(pH6 .5) by an autoburette | ||||||||
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Sample Name | Treatments (Factors Studied) | ||||||||
Organism | NCBI_ID | Strain | Genotype | Phenotype | Respiration | concentration | |||
sample | Saccharomyces cerevisiae | 4932 | ATCC 9080 | semi-aerobic | Glucose 30uM/ml | ||||
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Metabolites | Steady state data | measured unit: Arbitrary (NADH absorbance) | Note: Both units are concentration related as this is the data for plotting the phase plane of ATP vs NADH during oscillation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Concentration of ATP (mM) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0.67 | 0.701 | 0.726 | 0.771 | 0.705 | 0.673 | 0.572 | 0.569 | 0.331 | 0.171 | 0.07 | 0.031 | 0.3 | 0.471 | 0.635 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1,3-biphosphoglycerate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2-phospho-D-glyceric acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3-phospho-D-glyceric acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
acetaldehyde | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ADP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alpha, alpha-trehalose | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alpha, alpha-trehalose 6-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alpha, alpha-trehalose_out | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
beta-D-glucose 6-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
carbon dioxide | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
D-fructose 1,6-biphosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
D-fructose 2,6-biphosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
D-fructose 6-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
D-glucose | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
D-glucose 1-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
D-glucose 6-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
D-glucose_out | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
dihydroxyacetone phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
diphosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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fructose 1,6-biphosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
fructose 6-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
glucose 6-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
glyceraldehyde 3-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
glycerol | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NAD(+) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NADH | 0.126 | 0.131 | 0.14 | 0.146 | 0.156 | 0.171 | 0.224 | 0.23 | 0.26 | 0.285 | 0.28 | 0.274 | 0.244 | 0.23 | 0.135 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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sn-glycerol 3-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phosphoglucomutase | YMR105C | PGM2 | D-glucose 6-phosphate = D-glucose 1-phosphate | D-fructose 6-phosphate | |||||
D-glucose 1-phosphate | |||||||||
UTP-glucose 1-phosphate uridylyltransferase | YKL035W | UGP1 | D-glucose 1-phosphate + H+ + UTP = diphosphate + UDP-D-glucose | D-glucose 1-phosphate | |||||
H+ | |||||||||
UTP | |||||||||
diphosphate | |||||||||
UDP-D-glucose | |||||||||
alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) | YBR126C | TPS1 | D-glucose 6-phosphate + UDP-D-glucose = alpha,alpha-trehalose 6-phosphate + H+ + UDP | D-glucose 6-phosphate | The enzyme is a hetero-multimer of three different polypeptides (3 genes). The binding of these polypeptides could be represented in the model. Also the trehalose phosphatase is part of this complex and the model could consider that (not currently so) | ||||
YML100W | TSL1 | UDP-D-glucose | |||||||
YMR261C | TPS3 | alpha, alpha-trehalose 6-phosphate | |||||||
H+ | |||||||||
UDP | |||||||||
alpha,alpha-trehalose phosphatase | YDR074W | TPS2 | alpha,alpha-trehalose 6-phosphate + water = alpha,alpha-trehalose + phosphate | alpha, alpha-trehalose 6-phosphate | This enzyme is part of the trehalose-phosphate synthase/trehalose phosphatase. This is not reflected here but could be done later on. (there could be channelling of these two reactions) | ||||
water | |||||||||
alpha, alpha-trehalose | |||||||||
phosphate | |||||||||
alpha,alpha-trehalose transport | YGR289C | MAL11 | alpha,alpha-trehalose_out + H+_out = alpha,alpha-trehalose + H+ | alpha, alpha-trehalose_out | Proton symport, high affinity transporter (MAL11). There is another (unidentified gene) transporter with low affinity; unknown if that is also a proton symport or not. | ||||
alpha, alpha-trehalose | |||||||||
H+_out | |||||||||
H+ | |||||||||
alpha,alpha-trehalase | YDR001C | NTH1 | alpha,alpha-trehalose + water = 2 * D-glucose | alpha, alpha-trehalose | |||||
water | |||||||||
2 * D-glucose | |||||||||
Pyruvate transport | YKL217W | JEN1 | pyruvate + H+ = pyruvate_out + H+_out | pyruvate | |||||
H+ | |||||||||
pyruvate_out | |||||||||
H+_out | |||||||||