Selected Cell
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Metadata | Values (examples) | ||||||||
Asset Title | Data for phaseplane plot of oscillating ATP and NADH concentrations in oscillating yeast extracts | ||||||||
Uploader | Franco du Preez | ||||||||
Uploader SEEK ID | 355 | ||||||||
Project | SysMO-DB | ||||||||
ASSAY | |||||||||
Assay SEEK ID | 219 | ||||||||
Assay Title | Detailed kinetic model of yeast glycolytic oscillation | ||||||||
Assay_type | discontinuousEnzymatic | ||||||||
Technology_type | enzymatic activity measurements | ||||||||
Description | Concentration of glycolytic intermediates were determined by enzymatic assays | ||||||||
Experimentalist | Joachim Das and Heinrich-Gustav Busse | ||||||||
Date | 1991 | ||||||||
SOP | |||||||||
Publication (optional) | Das, J. and Busse, H.G. (1991) Biopyshical Journal 60:369-379 | ||||||||
Experimental_conditions | |||||||||
Item | temperature | pH | |||||||
Compound (if concentration) | |||||||||
Unit | |||||||||
Start_value (optional) | 25 | 6.5 | |||||||
End_value (optional) | 25 | 6.5 | |||||||
Comments | |||||||||
Culture growth | Batch | ||||||||
FACTORS_STUDIED | |||||||||
Item | concentration | ||||||||
Compound (if concentration) | Glucose | ||||||||
Unit | umol/ml | ||||||||
Start_value (optional) | 50 | ||||||||
End_value (optional) | 50 | ||||||||
SD (optional) | |||||||||
Comments | Semi-aerobic. Cultures were harvested in the early stationary phase. The oscillations were induced and sustained by continuous feeding of the extract with 50 umol glucose/ml extract/h(or 0.83 umol/ml/ min) from a stock solution of 3M glucose in 0.1M potassium phosphate buffer(pH6 .5) by an autoburette | ||||||||
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Sample Name | Treatments (Factors Studied) | ||||||||
Organism | NCBI_ID | Strain | Genotype | Phenotype | Respiration | concentration | |||
sample | Saccharomyces cerevisiae | 4932 | ATCC 9080 | semi-aerobic | Glucose 30uM/ml | ||||
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t | NADHcult1 | t | NADHcult2 | t | NADHcult1and2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-2.957 | 0.1644 | -2.9130000000000003 | 0.2583 | 0.21699999999999964 | 0.20475 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-2.8259999999999996 | 0.17865 | -2.7830000000000004 | 0.23864999999999997 | 0.4349999999999996 | 0.20865 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-2.739 | 0.20354999999999998 | -2.739 | 0.22949999999999998 | 0.6959999999999997 | 0.1983 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-2.6959999999999997 | 0.23085 | -2.5650000000000004 | 0.25305 | 1.1300000000000008 | 0.20475 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-2.5650000000000004 | 0.2517 | -2.391 | 0.2778 | 1.3480000000000008 | 0.2022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-2.4779999999999998 | 0.2283 | -2.3040000000000003 | 0.2595 | 1.6519999999999992 | 0.20745 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-2.4349999999999996 | 0.18645 | -2.261 | 0.23864999999999997 | 1.9570000000000007 | 0.20354999999999998 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-2.348 | 0.17865 | -2.13 | 0.23085 | 2.2170000000000005 | 0.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-2.261 | 0.19305 | -2 | 0.23745 | 2.4350000000000005 | 0.2061 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-2.1740000000000004 | 0.2178 | -1.9569999999999999 | 0.25305 | 2.609 | 0.20354999999999998 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-2.13 | 0.2478 | -1.87 | 0.27525 | 2.7829999999999995 | 0.20865 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-2.043 | 0.2505 | -1.8259999999999996 | 0.28049999999999997 | 2.9570000000000007 | 0.21389999999999998 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-2 | 0.2478 | -1.7389999999999999 | 0.27254999999999996 | 3.0429999999999993 | 0.2061 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.9130000000000003 | 0.2178 | -1.6520000000000001 | 0.2556 | 3.2609999999999992 | 0.20085 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.87 | 0.20085 | -1.609 | 0.24135 | 3.4350000000000005 | 0.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.8259999999999996 | 0.1878 | -1.5220000000000002 | 0.22694999999999999 | 3.5220000000000002 | 0.21915 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.7830000000000004 | 0.18255 | -1.391 | 0.24255 | 3.609 | 0.22049999999999997 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.6959999999999997 | 0.18645 | -1.3479999999999999 | 0.26084999999999997 | 3.6959999999999997 | 0.2178 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.6520000000000001 | 0.20354999999999998 | -1.2610000000000001 | 0.27915 | 3.8260000000000005 | 0.1995 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.5650000000000004 | 0.2244 | -1.2169999999999996 | 0.28169999999999995 | 3.9130000000000003 | 0.1956 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.5220000000000002 | 0.2478 | -1.1740000000000004 | 0.27525 | 4 | 0.20085 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.4779999999999998 | 0.25305 | -1.0869999999999997 | 0.24645 | 4.1739999999999995 | 0.22694999999999999 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.391 | 0.2478 | -1 | 0.23085 | 4.260999999999999 | 0.22949999999999998 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.3479999999999999 | 0.2178 | -0.9130000000000003 | 0.2256 | 4.304 | 0.2256 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.3479999999999999 | 0.20475 | -0.8259999999999996 | 0.23220000000000002 | 4.478 | 0.19305 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.2610000000000001 | 0.19169999999999998 | -0.6959999999999997 | 0.2661 | 4.5649999999999995 | 0.1905 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.1740000000000004 | 0.1878 | -0.6520000000000001 | 0.28049999999999997 | 4.651999999999999 | 0.19305 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1.0430000000000001 | 0.19305 | -0.5650000000000004 | 0.28559999999999997 | 4.739000000000001 | 0.21389999999999998 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-1 | 0.21525 | -0.5220000000000002 | 0.2778 | 4.8260000000000005 | 0.23354999999999998 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-0.8700000000000001 | 0.23085 | -0.47799999999999976 | 0.2517 | 4.913 | 0.23864999999999997 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-0.7830000000000004 | 0.21389999999999998 | -0.391 | 0.23609999999999998 | 5 | 0.23354999999999998 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-0.7389999999999999 | 0.19169999999999998 | -0.2610000000000001 | 0.22304999999999997 | 5.087 | 0.21255 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-0.6959999999999997 | 0.17475 | -0.17400000000000038 | 0.23609999999999998 | 5.130000000000001 | 0.1878 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-0.609 | 0.16695 | -0.08699999999999974 | 0.26475 | 5.2170000000000005 | 0.1839 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-0.5220000000000002 | 0.17609999999999998 | -0.04300000000000015 | 0.27525 | 5.304 | 0.1878 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-0.4349999999999996 | 0.19169999999999998 | 0 | 0.27135 | 5.5649999999999995 | 0.24135 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-0.391 | 0.23085 | 0 | 0 | 5.609 | 0.24645 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-0.2610000000000001 | 0.23609999999999998 | 0 | 0 | 5.696 | 0.24135 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-0.17400000000000038 | 0.2283 | 0 | 0 | 5.869999999999999 | 0.1905 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-0.1299999999999999 | 0.20475 | 0 | 0 | 5.913 | 0.1878 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-0.1299999999999999 | 0.18255 | 0 | 0 | 6 | 0.19169999999999998 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-0.04300000000000015 | 0.17609999999999998 | 0 | 0 | 6.130000000000001 | 0.22049999999999997 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0.04300000000000015 | 0.1722 | 0 | 0 | 6.2170000000000005 | 0.24645 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0.08699999999999974 | 0.17354999999999998 | 0 | 0 | 6.304 | 0.25305 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0 | 0 | 0 | 0 | 6.391 | 0.2439 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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0 | 0 | 0 | 0 | 6.522 | 0.1956 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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This is sheet displays the nomenclature of the genes, reaction, etc, that needs to be used for this excel file | |||||||||
Name | Gene(s) | Gene Names | Reaction | Metabolites | Notes | ||||
Hexose transport | YDL245C | HXT15 | D-glucose_out = D-glucose | D-glucose_out | In the minimal model we add only one reaction, but later should one for each permease. These permeases also transport other hexoses, like fructose. | ||||
YDR342C | HXT7 | D-glucose | |||||||
YDR343C | HXT6 | ||||||||
YDR345C | HXT3 | ||||||||
YDR536W | STL1 | ||||||||
YEL069C | HXT13 | ||||||||
YFL011W | HXT10 | ||||||||
YHR092C | HXT4 | ||||||||
YHR094C | HXT1 | ||||||||
YHR096C | HXT5 | ||||||||
YJL214W | HXT8 | ||||||||
YJL219W | HXT9 | ||||||||
YJR158W | HXT16 | ||||||||
YLR081W | GAL2 | ||||||||
YMR011W | HXT2 | ||||||||
YNR072W | HXT17 | ||||||||
YOL156W | HXT11 | ||||||||
Glucokinase | YCL040W | GLK1 | ATP + D-glucose = ADP + beta-D-glucose 6-phosphate + H+ | ATP | |||||
ADP | |||||||||
D-glucose | |||||||||
beta-D-glucose 6-phosphate | |||||||||
H+ | |||||||||
Hexokinase 1 | YFR053C | HXK1 | ATP + D-glucose = ADP + beta-D-glucose 6-phosphate + H+ | ATP | |||||
ADP | |||||||||
D-glucose | |||||||||
beta-D-glucose 6-phosphate | |||||||||
H+ | |||||||||
Hexokinase 2 | YGL253W | HXK2 | ATP + D-glucose = ADP + beta-D-glucose 6-phosphate + H+ | ATP | |||||
ADP | |||||||||
D-glucose | |||||||||
beta-D-glucose 6-phosphate | |||||||||
H+ | |||||||||
Phosphoglucose isomerase | YBR196C | PGI1 | glucose 6-phosphate = fructose 6-phosphate | glucose 6-phosphate | |||||
fructose 6-phosphate | |||||||||
Phosphofructokinase | YGR240C | PFK1 | ATP + fructose 6-phosphate -> ADP + fructose 1,6-bisphosphate" + H+ | ATP | The enzyme is a hetero-multimer (octamer) of two different polypeptides (2 genes). The binding of these polypeptides could be represented in the model | ||||
YMR205C | PFK2 | ADP | |||||||
fructose 6-phosphate | |||||||||
fructose 1,6-biphosphate | |||||||||
H+ | |||||||||
Fructosebisphosphate aldolase | YKL060C | FBA1 | fructose 1,6-bisphosphate = dihydroxyacetone phosphate + glyceraldehyde 3-phosphate | fructose 1,6-biphosphate | |||||
dihydroxyacetone phosphate | |||||||||
glyceraldehyde 3-phosphate | |||||||||
Triosephosphate isomerase | YDR050C | TPI1 | dihydroxyacetone phosphate = glyceraldehyde 3-phosphate | dihydroxyacetone phosphate | |||||
glyceraldehyde 3-phosphate | |||||||||
Glyceraldehyde phosphate dehydrogenase | YJL052W | TDH1 | glyceraldehyde 3-phosphate + NAD + phosphate = 1,3-bisphosphoglycerate + NADH + H+ | glyceraldehyde 3-phosphate | |||||
NAD | |||||||||
phosphate | |||||||||
1,3-biphosphoglycerate | |||||||||
NADH | |||||||||
H+ | |||||||||
Glyceraldehyde phosphate dehydrogenase | YJR009C | TDH2 | glyceraldehyde 3-phosphate + NAD + phosphate = 1,3-bisphosphoglycerate + NADH + H+ | glyceraldehyde 3-phosphate | |||||
NAD | |||||||||
phosphate | |||||||||
1,3-biphosphoglycerate | |||||||||
NADH | |||||||||
H+ | |||||||||
Glyceraldehyde phosphate dehydrogenase | YGR192C | TDH3 | glyceraldehyde 3-phosphate + NAD + phosphate = 1,3-bisphosphoglycerate + NADH + H+ | glyceraldehyde 3-phosphate | |||||
NAD | |||||||||
phosphate | |||||||||
1,3-biphosphoglycerate | |||||||||
NADH | |||||||||
H+ | |||||||||
Phosphoglycerate kinase | YCR012W | PGK1 | 1,3-bisphosphoglycerate + ADP = 3-phospho-D-glyceric acid + ATP | 1,3-biphosphoglycerate | |||||
ADP | |||||||||
3-phospho-D-glyceric acid | |||||||||
ATP | |||||||||
Phosphoglycerate mutase | YKL152C | GPM1 | 3-phospho-D-glyceric acid = 2-phospho-D-glyceric acid | 3-phospho-D-glyceric acid | This enzyme also catalyzes a reaction of 1,3-bisphosphoglycerate to 2,3- bisphosphoglycerate | ||||
2-phospho-D-glyceric acid | |||||||||
Enolase | YGR254W | ENO1 | 2-phospho-D-glyceric acid = phosphoenolpyruvate + water | 2-phospho-D-glyceric acid | |||||
phosphoenolpyruvate | |||||||||
water | |||||||||
Enolase | YHR174W | ENO2 | 2-phospho-D-glyceric acid = phosphoenolpyruvate + water | 2-phospho-D-glyceric acid | |||||
phosphoenolpyruvate | |||||||||
water | |||||||||
pyruvate kinase | YAL038W | PYK1 | ADP + H+ + phosphoenolpyruvate = ATP + pyruvate | ATP | |||||
ADP | |||||||||
H+ | |||||||||
phosphoenolpyruvate | |||||||||
pyruvate | |||||||||
Pyruvate kinase | YOR347C | PYK2 | ADP + H+ + phosphoenolpyruvate = ATP + pyruvate | ATP | |||||
ADP |