Selected Cell
Cell:
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Metadata
Organism_Sample
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nomenclature
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Metadata | Values (examples) | ||||||||
Asset Title | Timecourse data for glycolytic oscillation in yeast extracts | ||||||||
Uploader | Franco du Preez | ||||||||
Uploader SEEK ID | 355 | ||||||||
Project | SysMO-DB | ||||||||
ASSAY | |||||||||
Assay SEEK ID | 220 | ||||||||
Assay Title | Metabolite concentrations in yeast glycolytic oscillations | ||||||||
Assay_type | discontinuousEnzymatic | ||||||||
Technology_type | enzymatic activity measurements | ||||||||
Description | Concentration of glycolytic intermediates were determined by enzymatic assays | ||||||||
Experimentalist | Joachim Das and Heinrich-Gustav Busse | ||||||||
Date | 1991 | ||||||||
SOP | |||||||||
Publication (optional) | Das, J. and Busse, H.G. (1991) Biopyshical Journal 60:369-379 | ||||||||
Experimental_conditions | |||||||||
Item | temperature | pH | |||||||
Compound (if concentration) | |||||||||
Unit | |||||||||
Start_value (optional) | 25 | 6.5 | |||||||
End_value (optional) | 25 | 6.5 | |||||||
Comments | |||||||||
Culture growth | Batch | ||||||||
FACTORS_STUDIED | |||||||||
Item | concentration | ||||||||
Compound (if concentration) | Glucose | ||||||||
Unit | umol/ml | ||||||||
Start_value (optional) | 50 | ||||||||
End_value (optional) | 50 | ||||||||
SD (optional) | |||||||||
Comments | Semi-aerobic. Cultures were harvested in the early stationary phase. The oscillations were induced and sustained by continuous feeding of the extract with 50 umol glucose/ml extract/h(or 0.83 umol/ml/ min) from a stock solution of 3M glucose in 0.1M potassium phosphate buffer(pH6 .5) by an autoburette | ||||||||
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Sample Name | Treatments (Factors Studied) | ||||||||
Organism | NCBI_ID | Strain | Genotype | Phenotype | Respiration | concentration | |||
sample | Saccharomyces cerevisiae | 4932 | ATCC 9080 | semi-aerobic | Glucose 30uM/ml | ||||
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Metabolites | Steady state data | measured unit: mM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
timeseries (minutes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1.083 | 2.083 | 2.167 | 2.5 | 3.083 | 3.167 | 3.2915 | 4.167 | 4.833 | 5 | 5.167 | 6.333 | 6.417 | 6.5 | 6.833 | 6.9585 | 7.375 | 7.666666666666667 | 7.917 | 8.0415 | 8.333 | 8.4585 | 8.583 | 8.8335 | 9.875 | 10.333400000000001 | 10.8195 | 11.167 | 11.167 | 11.333 | 11.333 | 11.610999999999999 | 11.833 | 11.833 | 12.833333333333334 | 15.125 | |
1,3-biphosphoglycerate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2-phospho-D-glyceric acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3-phospho-D-glyceric acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
acetaldehyde | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ADP | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.433 | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.417 | - | - | - | - | 0.467 | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
alpha, alpha-trehalose | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alpha, alpha-trehalose 6-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alpha, alpha-trehalose_out | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ATP | - | - | 0.7 | - | - | - | 0.617 | - | 0.783 | - | - | - | 0.7 | - | - | 0.667 | 0.567 | 0.2 | - | 0.083 | - | - | 0.05 | - | 0.283 | 0.567 | 0.667 | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
beta-D-glucose 6-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
carbon dioxide | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
D-fructose 1,6-biphosphate | - | 1.37 | - | - | 1.082 | - | - | - | - | 0.384 | - | 0.384 | - | - | - | 0.384 | 0.671 | 1.904 | - | 2.192 | - | 2.562 | - | - | 3.548 | 3.466 | 3.219 | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
D-fructose 2,6-biphosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
D-fructose 6-phosphate | 0.219 | 0.466 | - | - | 0.425 | - | - | - | - | - | 0.589 | 0.795 | - | - | - | 0.918 | 0.795 | 0.466 | - | 0.425 | - | - | 0.466 | |||||||||||||
D-glucose | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.155 | - | - | - | 0.138 | 0.017 | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
D-glucose 1-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
D-glucose 6-phosphate | 0.878 | 1.245 | - | - | - | 1.694 | - | - | 2.469 | - | - | 2.755 | - | - | - | 3.082 | 2.837 | 2.102 | 1.735 | - | - | 1.49 | - | - | 0.714 | 0.551 | 0.796 | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
D-glucose_out | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
dihydroxyacetone phosphate | - | 0.552 | - | - | - | 0.483 | - | - | - | 0.241 | - | - | - | 0.328 | 0.241 | - | - | 0.603 | - | 0.862 | - | 0.862 | - | |||||||||||||
diphosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ethanol | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ethanol_out | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
fructose 1,6-biphosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
fructose 6-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
glucose 6-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
glyceraldehyde 3-phosphate | - | 0.069 | - | - | - | - | 0.069 | - | - | 0.069 | - | - | 0.069 | - | - | 0.034 | 0.052 | 0.155 | - | 0.172 | - | 0.155 | - | - | 0.414 | - | 0.241 | - | - | - | - | - | - | - | 0.138 | 0.138 |
glycerol | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
glycerol_out | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
glycerone phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
H+ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
H+_out | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NAD(+) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NADH | - | - | - | 0.073 | - | - | - | 0.098 | - | - | - | - | - | 0.195 | - | - | 0.244 | - | - | 0.341 | 0.463 | 0.683 | 0.951 | 1 | - | 0.854 | - | 0.707 | - | 0.61 | - | 0.341 | 0.098 | - | - | - |
phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phosphoenolpyruvate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pyruvate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pyruvate_out | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sn-glycerol 3-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UDP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UDP-D-glucose | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UTP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
water | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AMP | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.217 | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.883 | - | - | - | 0.233 | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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H+ | |||||||||
phosphoenolpyruvate | |||||||||
pyruvate | |||||||||
Pyruvate decarboxylase | YLR044C | PDC1 | H+ + pyruvate = acetaldehyde + carbon dioxide | H+ | |||||
pyruvate | |||||||||
acetaldehyde | |||||||||
carbon dioxide | |||||||||
Pyruvate decarboxylase | YLR134W | PDC5 | H+ + pyruvate = acetaldehyde + carbon dioxide | H+ | |||||
pyruvate | |||||||||
acetaldehyde | |||||||||
carbon dioxide | |||||||||
Pyruvate decarboxylase | YGR087C | PDC6 | H+ + pyruvate = acetaldehyde + carbon dioxide | H+ | |||||
pyruvate | |||||||||
acetaldehyde | |||||||||
carbon dioxide | |||||||||
Alcohol dehydrogenase | YOL086C | ADH1 | Acetaldehyde + H+ + NADH = ethanol + NAD(+) | acetaldehyde | |||||
H+ | |||||||||
NADH | |||||||||
ethanol | |||||||||
NAD(+) | |||||||||
Alcohol dehydrogenase | YGL256W | ADH4 | Acetaldehyde + H+ + NADH = ethanol + NAD(+) | acetaldehyde | |||||
H+ | |||||||||
NADH | |||||||||
ethanol | |||||||||
NAD(+) | |||||||||
Alcohol dehydrogenase | YBR145W | ADH5 | Acetaldehyde + H+ + NADH = ethanol + NAD(+) | acetaldehyde | |||||
H+ | |||||||||
NADH | |||||||||
ethanol | |||||||||
NAD(+) | |||||||||
Alcohol dehydrogenase | YMR303C | ADH2 | ethanol + NAD(+) = Acetaldehyde + H+ + NADH | ethanol | This isoenzyme is expected to be active in ethanol growth, thus the reaction is written in reverse direction from other ADHs | ||||
NAD(+) | |||||||||
acetaldehyde | |||||||||
H+ | |||||||||
NADH | |||||||||
Ethanol transport | ethanol_out = ethanol | ethanol_out | No gene identified, appears as uncatalysed transport | ||||||
ethanol | |||||||||
ATP consumption | Many, not considered explicitly | ATP → ADP + phosphate | ATP | This represents a large number of processes, such as protein synthesis, ion pumps, etc. | |||||
ADP | |||||||||
phosphate | |||||||||
Glycerol-3-phosphate dehydrogenase | YDL022W | GPD1 | glycerone phosphate + H+ + NADH = NAD(+) + sn-glycerol 3-phosphate | glycerone phosphate | |||||
H+ | |||||||||
NADH | |||||||||
NAD(+) | |||||||||
sn-glycerol 3-phosphate | |||||||||
Glycerol-3-phosphate dehydrogenase | YOL059W | GPD2 | glycerone phosphate + H+ + NADH = NAD(+) + sn-glycerol 3-phosphate | glycerone phosphate | |||||
H+ | |||||||||
NADH | |||||||||
NAD(+) | |||||||||
sn-glycerol 3-phosphate | |||||||||
Glycerol-3-phosphatase | YER062C | HOR2 | sn-glycerol 3-phosphate + water = glycerol + phosphate | sn-glycerol 3-phosphate | |||||
water | |||||||||
glycerol | |||||||||
phosphate | |||||||||
Glycerol-3-phosphatase | YIL053W | RHR2 | sn-glycerol 3-phosphate + water = glycerol + phosphate | sn-glycerol 3-phosphate | |||||
water | |||||||||
glycerol | |||||||||
phosphate | |||||||||
Glycerol transport | YLL043W | FPS1 | glycerol = glycerol_out | glycerol | There is also a glycerol/proton symport that could be considered | ||||
glycerol_out | |||||||||
6-phosphofructo-2-kinase | YIL107C | PFK26 | D-fructose 6-phosphate + ATP = D-fructose 2,6-bisphosphate + ADP + H+ | D-fructose 6-phosphate | |||||
ATP | |||||||||
D-fructose 2,6-biphosphate | |||||||||
ADP | |||||||||
H+ | |||||||||
6-phosphofructo-2-kinase | YOL136C | PFK27 | D-fructose 6-phosphate + ATP = D-fructose 2,6-bisphosphate + ADP + H+ | D-fructose 6-phosphate | |||||
ATP | |||||||||
D-fructose 2,6-biphosphate | |||||||||
ADP | |||||||||
H+ | |||||||||
Fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase | YJL155C | FBP26 | D-fructose 2,6-bisphosphate + water = D-fructose 6-phosphate + phosphate | D-fructose 2,6-biphosphate | |||||
water | |||||||||
D-fructose 6-phosphate | |||||||||
phosphate | |||||||||
Fructose bisphosphatase | YLR377C | FBP1 | D-fructose 1,6-bisphosphate + water = D-fructose 6-phosphate + phosphate | D-fructose 1,6-biphosphate | |||||
water | |||||||||
D-fructose 6-phosphate | |||||||||
phosphate | |||||||||
Phosphoglucomutase | YKL127W | PGM1 | D-glucose 6-phosphate = D-glucose 1-phosphate | D-fructose 6-phosphate | |||||
D-glucose 1-phosphate | |||||||||